এক সরকারি প্রেস বিজ্ঞপ্তিতে বলা হয়, জাতীয় সংসদ ভবনের দক্ষিণ প্লাজায় বীর মুক্তিযোদ্ধা মোজাফফর আহমদের প্রথম জানাজা অনুষ্ঠিত হয়। তার কফিনে ঢাকা জেলা প্রশাসনের পক্ষ থেকে রাষ্ট্রীয় সম্মান (গার্ড অব অনার) জানানো হয় এবং এক মিনিট নীরবতা পালন করা হয়।
প্রথমে রাষ্ট্রপতির পক্ষে রাষ্ট্রপতির সহকারী সামরিক সচিব বীর মুক্তিযোদ্ধা অধ্যাপক মোজাফফর আহমদ এর কফিনে পুস্পার্ঘ্য অর্পণ করেন। পরে প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা কফিনে শ্রদ্ধাঞ্জলি অর্পণ করেন।
জাতীয় সংসদের স্পীকার ড. শিরীন শারমিন চৌধুরী প্রবীণ এই রাজনীতিবিদের কফিনে শ্রদ্ধাঞ্জলি অর্পণ করেন।
বাংলাদেশ আওয়ামী লীগের পক্ষ থেকে দলীয় সভাপতি প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা দলের সিনিয়র নেতাদের সঙ্গে নিয়ে মরহুমের কফিনে পুস্পার্ঘ্য অর্পণ করেন।
জানাজায় আওয়ামী লীগের সাধারণ সম্পাদক ও সড়ক পরিবহণ ও সেতু মন্ত্রী ওবায়দুল কাদের, বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি মন্ত্রী ইয়াফেস ওসমান, নৌ পরিবহণ প্রতিমন্ত্রী খালিদ মাহমুদ চৌধুরী, পানি সম্পদ প্রতিমন্ত্রী ইনামুল হক শামীম, হুইপ আতিকুর রহমান আতিক, আইন মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত স্থায়ী কমিটির সভাপতি আবদুল মতিন খসরু, বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত স্থায়ী কমিটির সভাপতি আ হ ম রুহুল হক, সরকারি প্রতিষ্ঠান সম্পর্কিত সংসদীয় স্থায়ী কমিটির সভাপতি আ স ম ফিরোজ সহ গণ্যমান্য ব্যক্তিরা শরিক হন।
এ সময় মরহুমের সংক্ষিপ্ত জীবনবৃত্তান্ত পাঠ করেন ন্যাপ সাধারণ সম্পাদক ইসমাঈল হোসেন। পরে মরহুমের রুহের মাগফেরাত কামনা করে দোয়া ও মোনাজাত করা হয়। দোয়া ও মোনাজাতে প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা ও স্পিকার ড. শিরীন শারমিন চৌধুরী শরিক হন।
পরে বায়তুল মোকাররম জাতীয় মসজিদে মোজাফফরের দ্বিতীয় জানাজা অনুষ্ঠিত হয়।
রবিবার সকাল ১০টায় তাকে কুমিল্লার দেবিদ্বার উপজেলার এলাহাবাদ গ্রামে দাফন করা হবে।
শুক্রবার রাত পৌনে ৮টার দিকে রাজধানীর অ্যাপোলো হাসপাতালে চিকিৎসাধীন অবস্থায় মারা যান ৯৮ বছর বয়সী এই প্রবীণ রাজনীতিবিদ। তিনি বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের ঘনিষ্ঠ বন্ধু ছিলেন।