সাতক্ষীরা জেলা শহরে অপরিকল্পিতভাবে বাড়ি-ঘর নির্মাণ, শহরের চারপাশে ইচ্ছেমত বেড়িবাঁধ দিয়ে মাছ চাষ এবং পৌরসভার ভিতর ড্রেনেজ ব্যবস্থা না থাকায় বিভিন্ন এলাকায় জলাবদ্ধতা দেখা দিয়েছে। এতে দুর্ভোগে পড়েছে হাজার হাজার মানুষ।
পৌরসভার ৯টি ওয়ার্ডের মধ্যে ৭টি ওয়ার্ডের মানুষ জলবদ্ধতার কারণে নাকাল হয়ে পড়েছে। বর্ষা মৌসুম আসলেই জেলা শহরের মানুষ মারাত্মক বিপর্যয়ের মধ্যে পড়ে।
সাতক্ষীরা জেলা শহরের প্রাণ কেন্দ্র মুনজিতপুর, রাজারবাগান, মুন্সিপাড়া, পলাশপোল, কামালনগর, মাঠপাড়া, মাগুরা, বদ্দিপুর কলনীসহ আশপাশের এলাকা জলবদ্ধতার কারণে বসবাসের অনুপযোগী হয়ে পড়েছে। অধিকাংশ এলাকা কোমর পানিতে ডুবে আছে।
জেলা শহরের মাঝ দিয়ে প্রবাহিত প্রাণ সায়র খাল। এই খালের একপ্রান্তে বেতনা নদী এবং অপরপ্রান্তে মরিচ্চপ নদী। কিন্তু এই নদী দুটিতে পলিজমে ভরাট হয়ে যাওয়ায় প্রাণ সায়ল খাল দিয়ে পানি নিষ্কাশন হচ্ছে। ফলে গ্রামের পর গ্রাম সৃষ্টি হয়েছে জলবদ্ধতা। গত ৭ থেকে ৮ বছর ধরে বছরের প্রায় তিন মাস এলাকা পানিতে ডুবে থাকে। এতে বেড়ে যায় মানুষের অবর্ণনীয় দুর্ভোগ।