বন্দরে কর্মরত একজন উপপরিচালককে দিয়ে চালানো হচ্ছে প্রশাসনিক কার্যক্রম। যেকোনো ব্যাপারে প্রশাসনিক সিদ্ধান্ত নিতে হচ্ছে ঢাকার প্রধান কার্যালয়ের অনুমতি নিয়ে। ওখান থেকে দিকনির্দেশনা পাওয়ার পর বন্দরে শুরু হয় কার্যক্রম।
বেনাপোল বন্দরকে বাংলাদেশ স্থলবন্দর কর্তৃপক্ষের আওতায় আনার পর ১৯ বছরে ১৩ পরিচালক দায়িত্ব পালন করেছেন। আর ভারপ্রাপ্ত দায়িত্ব পালন করেছেন দুজন উপপরিচালক চার বার। উপসচিব মর্যাদার পরিচালকরা এখানে নিয়োগ পাওয়ার কয়েক মাস পরই বদলির তোড়জোড় করতে থাকেন। দায়িত্ব নেয়ার ৪ বা ৬ মাস কিংবা বছরখানেক পরই তদবির করে চলে যান ঢাকায়।
প্রতিবছর বেনাপোল বন্দর দিয়ে ভারত থেকে প্রায় ৪০ হাজার কোটি টাকার পণ্য আমদানি হয়, যা থেকে সরকারের প্রায় সাড়ে ৫ হাজার কোটি টাকা রাজস্ব আসে। আর এ বন্দর দিয়ে প্রতি বছর প্রায় দশ হাজার কোটি টাকা মূল্যের বাংলাদেশি পণ্য ভারতে রপ্তানি হয়।
বেনাপোল দিয়ে ২০১৮-১৯ অর্থবছরে রপ্তানি হয়েছিল চার লাখ এক হাজার ১৭৭ মেট্রিক টন পণ্য। করোনার মধ্যে ২০১৯-২০ অর্থবছরে রপ্তানি হয়েছে তিন লাখ ৩৮ হাজার ৮২৯ মেট্রিক টন।
বেনাপোল সিঅ্যান্ডএফ এজেন্টস অ্যাসোসিয়েশনের সভাপতি মফিজুর রহমান সজন বলেন, ‘প্রতিবছর এ বন্দর থেকে প্রায় সাড়ে ৫ হাজার কোটি টাকা রাজস্ব আয় করে সরকার। কিন্তু এখানে দীর্ঘদিন ধরে অবকাঠামোর চিত্র বেহাল। পণ্য খালাসে বিলম্ব ও অর্থনৈতিক ক্ষতির কারণে ব্যবসায়ীরা মুখ ফিরিয়ে নিচ্ছেন। এখানে যারা দায়িত্ব পালন করেন তাদের হাতে দাপ্তরিক ক্ষমতাও কম। বন্দর কর্তৃপক্ষের চেয়ারম্যানের নির্দেশ ছাড়া বেনাপোল বন্দরে কোনো কিছু কার্যকর করা সম্ভব হয় না।’