১৯৯৮ সালের ৩০ আগস্ট রাত ১০টার দিকে শহরের বেজপাড়ায় নিজ বাসার সামনে অজ্ঞাত দুর্বৃত্তদের হাতে খুন হন তিনি।
মুকুলের বাবা রানারের প্রতিষ্ঠাতা সম্পাদক গোলাম মজিদও এরশাদ সরকারের আমলে নির্যাতনে মারা যান।
মুকুল হত্যার ঘটনায় পর দিন তার স্ত্রী হাফিজা আখতার শিরিন বাদী হয়ে অজ্ঞাত আসামিদের নামে কোতয়ালি থানায় মামলা করেন। পরে তদন্ত শেষে সিআইডি বিএনপির সাবেক মন্ত্রী তরিকুল ইসলামসহ ২৪ জনের বিরুদ্ধে যশোর আদালতে অভিযোগপত্র জমা দেয়। তবে হাইকোর্টের নির্দেশে তরিকুলের নাম মামলা থেকে বাদ যায়।
নিহতের ভাই কবিরুল আলম দিপু বলেন, মামলার বিচার প্রক্রিয়া খুব ধীর গতিতে চলছে। দুঃখ করে তিনি বলেন, ‘ভালো হতো যদি আমি মুকুলের ভাই না হতাম।’
এদিকে, মুকুলের মৃত্যুবার্ষিকী উপলক্ষে তার পরিবার, যশোর প্রেস ক্লাব ও যশোর সাংবাদিক ইউনিয়ন বিভিন্ন কর্মসূচি গ্রহণ করেছে।
কর্মসূচির মধ্যে রয়েছে, কালো ব্যাচ ধারণ, কবরে পুষ্পস্তবক অর্পণ, দোয়া মাহফিল ও আলোচনা সভা।