মামলার তদন্ত কর্মকর্তা নগর গোয়েন্দা পুলিশ পরিদর্শক মো. এনামুল হক ১০ দিনের রিমান্ডের আবেদন করলে শনিবার দুপুরে খুলনা মেট্রোপলিটন ম্যাজিস্ট্রেট আদালতের বিচারক শাহীদুল ইসলাম পাঁচ দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেন।

তদন্ত কর্মকর্তা এনামুল হক জানান, গত ১৬ জুলাই নগরীর খানজাহান আলী থানার মশিয়ালী এলাকায় তিন জনকে গুলি করে হত্যা ঘটনার পর শেখ জাকারিয়া, তার ভাই মিল্টন ও আরেক আসামি রাজু আত্মগোপন করে। শুক্রবার সকালে রাজধানীর মিরপুর এলাকার ১৮ তলা একটি ভবন থেকে তাদেরকে গ্রেপ্তার করে খুলনা মহানগর ডিবি পুলিশ। তাদেরকে হত্যাকাণ্ডের কারণ এবং কারা কারা জড়িত ছিল সেসব বিষয়ে জিজ্ঞাসাবাদের জন্য দশদিনের রিমান্ডের আবেদন করা হয়েছিলো। আদালত প্রত্যেককে ৫ দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেছে।

মশিয়ালী গ্রামের একটি মসজিদ কমিটির মেয়াদ শেষ হলে সভাপতির পদ থেকে শেখ জাকরিয়াকে পদত্যাগ করতে বলে মিল শ্রমিক মুজিবরসহ মসজিদের মুসল্লিরা। সকলের দাবির মুখে বাধ্য হয়ে পদ থেকে সরে দাঁড়াতে সম্মত হয়ে ১৭ জুলাই জুম্মার নামাজের পর পদত্যাগ করার সিদ্ধান্ত হয়। কিন্তু এর আগে ১৬ জুলাই বিকালে জাকারিয়া ও তার ভাইয়েরা অস্ত্র দিয়ে মিল শ্রমিক মুজিবরকে পুলিশের কাছে ধরিয়ে দেয়। এই ঘটনাকে কেন্দ্র করে প্রতিবাদি এলাকাবাসীর ওপর জাকারিয়া-জাফরিন-মিল্টন বাহিনী নির্বিচারে গুলি বর্ষণ করে। এতে মশিয়ালী গ্রামের মো. নজরুল ইসলাম (৬০), একই এলাকার মো. ইউনুছ আলীর ছেলে গোলাম রসুল (৩০) ও পরে গুলিবিদ্ধ এলাকার সাইদুল ইসলামের ছেলে আটরা মেট্রো টেকনিক্যাল অ্যান্ড বিএম কলেজের দ্বাদশ শ্রেণির ছাত্র সাইফুল ইসলাম (২২) খুলনা মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে চিকিৎসাধীন অবস্থায় মারা যান এবং গুলিতে আফসার শেখ, শামিম, রবি, খলিলুর রহমান, মশিয়ার রহমানসহ বেশ কয়েকজন আহত হয়ে হাসপাতালে ভর্তি করা হন। এই ঘটনায় খানজাহান আলী থানা আওয়ামী লীগের সহ-প্রচার সম্পাদক জাকারিয়া জাকারকে দল থেকে বহিষ্কার করে থানা আওয়ামী লীগ।

পবর্তীতে ১৮ জুলাই নিহত মো. সাইফুলের বাবা মো. শহিদুল ইসলাম বাদী হয়ে খানজাহান আলী থানায় মামলায় খানজাহান আলী থানা শেখ জাকারিয়া হোসেন জাকার, তার ভাই মহানগর ছাত্রলীগের বহিষ্কৃত সহ-সভাপতি শেখ জাফরিন, অস্ত্র মামলার সাজাপ্রাপ্ত আসামি মিল্টনসহ ২২জনের নাম উল্লেখসহ অজ্ঞাত ১৫-১৬ জনকে আসামি করে মামলা দায়ে করেন।